Nace en Tôkyô en 1912, aunque pasa su niñez y adolescencia en Iwate. A la edad de 17 años ingresa en la Escuela de Arte del Pacífico (Tokyo).  En sus primeros años de aprendizaje artístico, recibe la influencia de pintores occidentales como Modigliani y Rouault, al tiempo que entraría en contacto con grupos políticos de izquierda, especialmente activos en Japón durante el período Taisho. Sin embargo, aunque inspirado por una visión marxista de la sociedad, Matsumoto no llegó a desarrollar nunca una fuerte simpatía hacia el denominado “arte proletario”, y en numerosos escritos declaró su incapacidad para rechazar a artistas y tendencias tildadas como “burgueses”.